Sau cuộc đảo chính 1963, Việt Nam Cộng hòa liên tục chứng kiến hàng loạt cuộc đảo chính khác, như chỉnh lý tháng 1 năm 1964, binh biến tháng 9 năm 1964, đảo chính tháng 12 năm 1964, đảo chính tháng 2 năm 1965, đảo chính tháng 6 năm 1965,...[80] Sau đảo chính, chính quyền Sài Gòn chẳng những không ổn định mà trái lại càng khủng hoảng trầm trọng: “Tình trạng Việt Nam Cộng hoà còn tồi tệ hơn hồi chính quyền Diệm: Kinh tế suy sụp, vật giá leo thang, tiền sụt giá so với Mỹ kim, nạn thất nghiệp, đầu cơ trích trữ và tham nhũng gia tăng”. Đảo chính và phản đảo chính diễn ra liên tục.

Sau đảo chính Thượng Hội đồng Quốc gia Việt Nam Cộng hòa được thành lập để chuyển dần quyền lực chính quyền Việt Nam Cộng hòa từ các tướng lĩnh quân đội về sang các chính trị gia dân sự. Lúc đầu Bác sĩ Hồ Văn Nhựt được tuyển chọn để đảm trách chức Thủ tướng vì ông được sự ủng hộ của mọi thành phần tôn giáo và chính trị. Đây là chức Thủ tướng dân sự đầu tiên kể từ khi nền Đệ Nhất Cộng hòa của Tổng thống Ngô Đình Diệm bị phe Quân đội lật đổ. Tuy nhiên ông muốn tìm kiếm giải pháp hòa hợp dân tộc, và sau những cuộc thảo luận không thỏa đáng với Ủy ban Lãnh đạo Lâm thời và Chính quyền Mỹ, Bác sĩ đã từ chối chức vụ này. Thay vào đó, Trần Văn Hương, Đô trưởng Sài Gòn, được bổ nhiệm làm Thủ tướng.[81][82]

Chính phủ của ông Trần Văn Hương mặc dù được hậu thuẫn của nhiều thành phần nhưng bị bác sĩ Nguyễn Xuân Chữ, các lãnh đạo Phật giáo và lực lượng sinh viên chống đối kịch liệt vì cho rằng thành phần chính phủ không phản ánh đúng nguyện vọng của các đảng phái. Ông Hương lại không chịu nhượng bộ cải tổ nên tình hình trở nên tê liệt. Hội đồng Quân lực quyết đinh bãi nhiệm Thủ tướng Trần Văn Hương và đưa đi quản thúc tại Vũng Tàu rồi đề cử Phó Thủ tướng Nguyễn Xuân Oánh làm Thủ tướng để thành lập nội các mới. Ông Oánh xin từ nhiệm vì ông không chấp nhận bổ nhiệm trung tướng Nguyễn Chánh Thi vào chức Tổng trưởng Nội vụ. Sau đó Phan Huy Quát được bổ nhiệm là Thủ tướng, trung tướng Nguyễn Văn Thiệu làm Phó thủ tướng kiêm Tổng trưởng Quốc phòng, bác sĩ Trần Văn Đỗ làm Phó thủ tướng kiêm Tổng trưởng Ngoại giao, luật sư Trần Văn Tuyên là Phó thủ tướng phụ trách kế hoạch. Hội đồng Quân lực ra lệnh giải thể Thượng Hội đồng Quốc gia vào ngày 20 tháng 12 năm 1964, một ngày sau khi nội các Phan Huy Quát trình diện Quốc trưởng Phan Khắc Sửu, để thành lập Hội đồng Quốc gia Lập pháp. Đầu tháng 6/1965, nhiều lãnh đạo tôn giáo và đảng phái chính trị khác lại tiếp tục đòi Phan Huy Quát từ chức. Ngày 11/6/1965, Quát triệu tập một phiên họp đặc biệt dưới sự chủ tọa của Quốc trưởng Phan Khắc Sửu. Trong cuộc họp này, Thủ tướng Phan Huy Quát tuyên bố từ chức và giải tán chính phủ, Quốc trưởng Phan Khắc Sửu cũng tuyên bố từ chức. Sau đó, trong cuộc họp Hội đồng Quân lực, trung tướng Nguyễn Văn Thiệu, tổng trưởng quốc phòng, đề nghị Nguyễn Chánh Thi làm Thủ tướng nhưng ông này từ chối. Cuối cùng Thiếu tướng Nguyễn Cao Kỳ tình nguyện đảm nhận chức vụ Thủ tướng. Kết thúc buổi họp, Hội đồng Quân lực đồng ý để tướng Kỳ làm thủ tướng với danh xưng Chủ tịch Ủy ban Hành pháp Trung ương, còn Nguyễn Văn Thiệu là Chủ tịch Ủy ban lãnh đạo quốc gia.[83]

Theo thú nhận của chế độ Việt Nam Cộng hòa: “Trong vòng ba tháng sau đảo chính, Việt Cộng nổi dậy khắp nơi. Tỉnh Kiến Hoà phải rút đi 51 đồn bót, mất 15 xã. Ở miền Trung từ Phan Thiết trở ra trong vòng hai tháng sau đảo chính, 2200 ấp chiến lược trong tổng số 2700 ấp chiến lược hoàn toàn bị tan tác[84]. Tổng số 4248 ấp chiến lược ở miền Nam thì có 3915 ấp bị phá hẳn. Trong phúc trình gửi Tổng thống Johnson ngày 16 tháng 3 năm 1964, Mc. Mamara đưa ra một bức tranh bi thảm, hậu quả của cuộc đảo chính lật đổ chế độ Ngô Đình Diệm: “Trong số đất đai của 22 tỉnh (trong 44 tỉnh), Việt Cộng kiểm soát tới 50% hoặc nhiều hơn thế. Phước Tuy, Việt Cộng kiểm soát 80%; Bình Dương 90%; Hậu Nghĩa 90%; Long An 90%; Định Tường 90%; Kiến Hoà 90%; An Xuyên (Cà Mau) 85%. Quận Mõ Cày và các xã Định Thuỷ, Bình Khánh, Phước Hiệp, “đỏ 100%”; trên 900 xã như trong trường hợp ba xã này;..."[84] Sau đảo chính 1963, trong một thời gian ngắn, đường mòn Hồ Chí Minh trở thành một “xa lộ thênh thang”. Trước đây, đoàn vận tải ô tô chỉ vào Khe Hó đổ hàng rồi từ đây dùng voi hay sức người chuyển vào Palin Thừa Thiên. Đầu năm 1964, các đoàn ô tô đã có thể đi tới điểm trạm ngã ba biên giới Kontum, số lượng vận tải tăng 40 lần so với năm trước, tỉ trọng vận tải cơ giới là 51%.